Магистерската теза е самостоен труд во кој доаѓа до израз осопособеноста на кандидатот да се занимава со научно-истражувачка работа и со која до израз доаѓа неговата способност да ја примени методологијата на научното истражување. Целта на трудот се однесува на нивото на научното сознание што ќе го постигнеме со истражувањето. Тие се делат на а) научна цел, б) практична цел.

На студиските програми од втор циклус студии можат да се запишат кандидати што завршиле академски (универзитетски) студии од прв циклус, односно стручни студии од прв циклус (додипломски студии) и ги исполнуваат условите предвидени со Законот за високо образование, Статусот на Универзитетот, Правилникот за условите, критериумите и правилата за запишување и студирање на втор циклус студии на Универзитетот “ Св. Климент Охридски” – Битола и Конкурсот за упис.
На втор циклус академски студии во времетраење од една година (60 европски кредити) може да се запише лице кое завршило прв циклус академски студии во траење од шетри години (240 европски кредити).
На втор циклус академски студии кои траат две години, можат да се пријават и запишат кандидати со завршени четригодишни универзитетски (додипломски) студии според студиски програми до денот на влегување во сила на Законот за високо образование и тоа на иста или слична студиска програма во рамките на научното поле. На овие студенти, можат да им се признаат најмногу 60 европски кредити, пришто на студентите кои претходно завршиле на иста студиска програма на додипломски студии, по правило би им се признале повеќето европски кредити во однос на оние студенти кои дипломирале на слична студиска програма во рамите на соодветното научно поле, но најмногу до 60 европски кредити.
На втор циклус академски студии не може да се запише лице со завршен втор циклус стручни студии.
На втор циклус стручни студии (специјалистички студии) може да се запише лице кое завршило прв циклус стручни или академски студии во времетраење од најмалку три години (180европски кредити).
Секоја единица на Универзитетот утврдува кои студиски програми се соодветни или сродни и дали кандидатите ги исполнуваат другите услови предвидени со студиските програми за ораганизирање втор циклус студии на соодветниот факултет. Секоја единица на Универзитетот ги утврдува дополнителните услови за упис и го спроведува пријавувањето, рангирањето и запишувањето на кандидатите.
Износот на надоместокот за кофинансирање на студиите е изразен во евра, а се пресметува и плаќа во денарска противвредност според средниот курс на Народна банка на РМ на денот на плаќањето.